Man tror att Faraohunden är ca 5000 år gammal och en av de äldsta raserna i världen. Men varifrån rasen kommer är inte alla överens om. Det finns två olika teorier, en av dem säger att rasen ursprungligen kommer från Egypten medan den andra menar att de kom från Malta från början. I de forntida pyramiderna i Egypten finns bilder på hundar med röd kort päls och stora upprättstående öron och hundarna beskrivs också i texter från Faraonernas tid. Fenicierna tog sedan dessa hundar med sig på sina resor till Malta, bland många andra platser, där rasen sedan bevarades. 1950 hittade man kvarlevor av en hund i Drottning Her-Neiths (fru till Faraon Djoser,

tredje dynastin ca 2700 f kr) grav. Hunden var mycket lik dagens Faraohund. Malta menar däremot att rasen har sitt ursprung hos dem och har utnämnt den till deras nationalras. Den stora frågan är alltså; var fanns rasen först? På Malta heter rasen Kelb Tal Fenek vilket betyder kaninhund. Och det är vad rasen har använts till i tusentals år. Faraohunden är en utmärkt jägare och användes mycket av de maltesiska bönderna förr men även idag jagas det kanin med dem på Malta. Oftast är det ett par faraohundar som samarbetar och de jagar med syn, hörsel och lukt. När de får syn på en kanin förföljer dem den tills de antingen får tag på den eller den söker skydd. Om kaninen söker skydd där hundarna inte kan nå den skickar jägarna in en iller för att jaga fram kaninen.

På 1960-talet kom de första Faraohundarna från Malta till England (några faraohundar hade importerats redan 1930). 1977 fick England rasen erkänd av FCI och den fick namnet Pharaoh Hound. Det var sedan från England som rasen började spridas runt världen. 1971 importerades den första Faraohunden till Sverige från England, Merymut Nepthys. Hon blev Europas första champion och stamtik på kennel Enigma. Den första svenska kullen föddes 1974 på Kennel Chassellis efter Tvinley King Akh’naten och Twinley Pupa. 1972 importerades den första Faraohunden till Danmark, Merymut Sinuhe från England. Året efter kom Birling Pingo från Malta som, tillsammans med Sinuhe, fick den första kullen. Landets andra Faraohundskull föddes hos Prins Henrik av Danmark. 1973 kom rasen till Norge. Då importerades Khefren Khara Twinley och Serafin Rameses of Twinley från England. 1975 föddes den första kullen efter dessa två hundar. Samma år föddes även den första kullen i Finland.